Parmi les difficultés qui surgissent, lors de l'application des dispositions du Traité de Rome, il faut relever celles qui entourent l'adaptation des monopoles nationaux à caractère commercial et en particulier les monopoles fiscaux.
Comment appliquer les règles du Traité à des entreprises, dont les objectifs sont fiscaux autant qu'industriel et commercial? Le Traité n'interdit pas le monopole fiscal en tant que tel. Il ne parle que de leur aménagement, dans le cas où ils discriminent les ressortissants d'un État membre et dans la mesure où ils sont susceptibles de restreindre ou de fausser le jeu de la concurrence ou enfin d'annihiler certains effets du désarmement douanier et contingentaire. L'article 37 est catégorique et semble condamner le monopole fiscal à la fin de la période transitoire, en vertu d'une stricte élimination de toute discrimination. Cependant l'article 90 alinéa 2 est plus nuancé et prévoit un assouplissement à l'application de ce principe de base, à la condition que le monopole fiscal legitimise les restrictions qu'il apporte à la suppression de toute discrimination et à l'instauration de la libre concurrence par l'accomplissement de sa « mission particulière ».