Les rapports entre « sciences de l'organisation » et « analyse historique » n'ont rien d'évident. L'analyse historique telle qu'elle s'est exprimée dans les Annales ESC au cours des différentes phases de leur évolution n'a accordé beaucoup d'importance ni à la prise de décision ni aux institutions. Inversement les sciences de l'organisation sont avant tout des sciences appliquées qui font jouer leurs acquis au service des entreprises et des administrations, alors que l'histoire reste encore majoritairement une discipline de recherche fondamentale.

La définition du terme d'organisation donne lieu de longue date à de vifs débats. L'observation courante en montre vite la grande diversité. On distingue d'ordinaire les organisations marchandes (entreprises, sociétés de services, organismes publics comme les hôpitaux, etc.) et les organisations non marchandes (administrations, armées, Églises, associations à but non lucratif, partis politiques, syndicats).

L'histoire du droit occupe dans l'histoire des faits sociaux une place à la fois stratégique et marginale. La pratique de la recherche en fait une affaire de spécialistes. Le rôle que joue le droit dans toute théorie du changement économique et social lui accorde en revanche une place centrale dans l'activité historienne. Méthodologiquement règle de droit et pratique juridique désignent un point d'intersection où se croisent la démarche analytique et systématique propre à l'histoire économique et l'approche compréhensive et singularisante de l'histoire politique et sociale, non sans poser de ce fait des problèmes presque insolubles.

L'histoire des mentalités se trouve placée en réserve de la république historienne : après avoir rendu d'éminents services, elle a reçu des hommages presque universels. Les langues allemande et anglaise, notamment, lui ont accordé l'honneur d'un néologisme calqué sur le terme français d'origine. Mais dans cette réserve, le terme a perdu de son pouvoir actif de désignation et d'incitation : certains de ses plus ardents défenseurs ont préféré la dénomination d'« anthropologie historique », désormais courante dans les intitulés de programmes et de séminaires. La réserve n'est point la mise à l'écart ni l'honorariat : la mention des mentalités apparaît ça et là, dans quelques titres ou sous-titres, ou dans des revendications implicites ou discrètes. L'histoire des mentalités n'est donc pas classée parmi les orientations ou les disciplines caduques : des articles dans des synthèses historiographiques récentes (Faire de l'histoire, La nouvelle histoire, Dictionnaire des sciences historiques) lui donnent un frêle futur, parfois proche du conditionnel.

L'éditorial du printemps 1988 des Annales appelle les historiens à une réflexion commune à partir d'un double constat. D'une part, il affirme l'existence d'une « crise générale des sciences sociales », repérable dans l'abandon des systèmes globaux d'interprétation, de ces « paradigmes dominants » qu'avaient été, un temps, le structuralisme ou le marxisme, comme dans le rejet proclamé des idéologies qui avaient porté leur succès (entendons l'adhésion à un modèle de transformation radicale, socialiste, des sociétés occidentales capitalistes et libérales). D'autre part, le texte n'applique pas à l'histoire l'intégralité d'un tel diagnostic puisqu'il conclut : « Le moment ne nous paraît pas venu d'une crise de l'histoire dont certains acceptent, trop commodément, l'hypothèse ».