Les auteurs proposent une nouvelle méthode de classification biologique des lacs fondée sur une analyse comparative de la macrofaune des sédiments. Cette recherche inclut la définition préalable d'un protocole d'échantillonnage permettant la comparaison de systèmes lacustres de profondeur maximale très différente. Ce protocole original est caractérisé par : — des prélèvements de sédiments meubles effectués à une profondeur en zone littorale (Z0 : 1-2 m) et à trois profondeurs, relatives à la profondeur maximale des systèmes étudiés, en zone limnétique (Z1 = 0,25 Zmax, Z2 = 0,50 Zmax, Z3 = 0,75 Zmax) ; — un nombre d'échantillons par profondeur prospectée (ni) proportionnel à la longueur (L en km) de chaque isobathe (n0 = 1,8√10 L et n1, n2, n3 = 1,4√10 L). 325 stations ont été réparties, suivant un protocole standard, dans 9 lacs du Jura et 104 taxons, dont 98 genres ont été recensés. Une analyse factorielle des correspondances, appliquée aux stations et aux genres, montre que les stations se distribuent le long de l'axe F1, dans un ordre de variété faunistique décroissante et de profondeur croissante, exprimant l'évolution de la variété et de la densité en fonction des modifications des conditions écologiques avec la profondeur. Une première différenciation des lacs a été obtenue en fonction de la variété totale et de la densité globale des 9 systèmes étudiés. Ces deux critères permettent de distinguer des lacs très biogènes et des lacs peu biogènes (variété totale et densité globale faibles). Cette deuxième catégorie de lacs regroupant toutefois des systèmes dont les caractéristiques écologiques différaient nettement, une seconde classification biologique a été établie par la prise en compte : — d'un critère quantitatif : le couple variété-densité en zone littorale exprimant le potentiel biogénique des systèmes (Bo = vo √do) ; — d'un critère qualitatif : la régression de la variété générique en fonction de la profondeur relative. Une hypothèse de linéarité de la distribution bathymétrique relative de la variété faunistique permet le calcul d'indices de distribution faunistique (f¡ = kiv¡/vo) qui traduisent l'évolution des conditions écologiques avec la profondeur. Ces deux critères (Bo et f) constituent les coordonnées d'un système d'axes comportant 4 niveaux (2 niveaux quantitatifs et 2 niveaux qualitatifs) qui permettent de classer les lacs en fonction de leur aptitude biogénique.