Les macroinvertébrés benthiques sont couramment utilisés dans le domaine de la bioindication. Pourtant les méthodes indicielles globales ne permettent pas de poser un diagnostic sur les causes réelles de dégradation. Cette étude propose donc d'intégrer les avancées théoriques récentes mettant en relation les stratégies biologiques des organismes (reproduction, durée de vie, habitudes alimentaires et respiratoires) avec les perturbations de leur environnement. Cette approche a été appliquée à la Chalaronne, un cours d'eau soumis à des effluents d'une station d'épuration. L'analyse biocénotique, basée sur l'abondance des taxons, permet de séparer les stations amont des stations aval puisque 17,9 % de la variabilité totale du tableau de données y est consacrée. Au niveau fonctionnel, l'utilisation des traits biologiques définis pour chaque taxon permet une meilleure séparation amont - aval, puisque la valeur obtenue est de 23,1 %. Cet exemple nous montre que la structure fonctionnelle observée en amont correspond à des caractéristiques de résilience. Au contraire la structure fonctionnelle observée en aval correspond à des caractéristiques de résistance. L'approche fonctionnelle présente donc deux intérêts : d'une part elle permet une bonne discrimination des situations étudiées, d'autre part elle ouvre des perspectives intéressantes pour l'étude des fonctionnalités biologiques des écosystèmes.