En este trabajo estudio la institucionalización de la investigación indígena, considerando los conflictos políticos, epistemológicos y ontológicos que intervienen en su desarrollo. Analizo y comparo cuatro instituciones afiliadas al Consejo Regional Indígena del Cauca (CRIC) de Colombia, una de las organizaciones indígenas que más ha avanzado en este proceso en Latinoamérica. Basándome en conversaciones con los y las intelectuales orgánicas del CRIC —investigadores/as indígenas y colaboradores/as— y en documentos institucionales, argumento que las diversas formas de concebir y practicar la investigación dan cuenta de un proceso de ontologización que implica un cambio radical respecto del sentido, los sujetos y las relaciones involucradas en su desarrollo. Planteo que dicho proceso obliga a redefinir la noción moderna de investigar, pero indago, al mismo tiempo, en las tensiones que esta tendencia presenta al interior del CRIC.